Die Gründung der Evangelischen Schulstiftung in der EKD ist eine unmittelbare Folge der friedlichen Revolution in der DDR 1989 und der deutsch-deutschen Wiedervereinigung. Im Zuge der zahlreichen Schulgründungen in den neuen Bundesländern wurde 1994 die Evangelische Schulstiftung in der EKD gegründet. Das geschah durch beispielhaftes solidarisches Handeln verschiedener Landeskirchen .
Die bayerische Schulstiftung half unter dem damaligen Vorsitzenden Herrn Dr. Jürgen Bohne maßgeblich, das Aufgabenfeld der jungen Stiftung zu bestimmen. Schulneugründungen und deren Verwaltungsübernahme zählten zu den ursprünglichen Aufgaben. Durch Frau Annegrethe Stoltenberg, damalige Leiterin der EKD-Bildungsabteilung, war sogleich eine Bindung zum Kirchenamt der EKD in Hannover gegeben. Insbesondere die Anschubfinanzierungen der EKD-Synoden 1996 und 1999 ermöglichten es, dass die Schulstiftung ihre Tätigkeit beträchtlich ausbauen konnte.