Die Mitglieder des Vorstandes der Evangelischen Schulstiftung arbeiten ehrenamtlich. Sie werden für 4 Jahre gewählt. Der Vorstand setzt sich aus den folgenden Mitgliedern zusammen:

Diakon Wolfgang v. Rechenberg (Vorsitzender)
Referent für Schulangelegenheiten in der Nordkirche

Leitende Kirchenrechtsdirektorin Henriette Kühne (Stellv. Vorsitzende)
Abteilung Gesellschaftsbezogene Dienste im Landeskirchenamt der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Bayern

Oberkirchenrätin Dr. Birgit Sendler-Koschel
Leiterin der Bildungsabteilung im Kirchenamt der Evangelischen Kirche Deutschland (EKD)

Oberkirchenrat Michael Lunberg
Evangelische Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz