Die Mitglieder des Stiftungsrates werden von ihren jeweiligen Gliedkirchen benannt und in den Stiftungsrat entsendet. Die Amtsdauer beträgt 4 Jahre. Der Stiftungsrat der Evangelischen Schulstiftung setzt sich aus den folgenden Mitgliedern und Stellvertretungen zusammen:

Oberkirchenrat Sönke Erich Krützfeld (Vorsitzender des Siftungsrates)
Evangelische Kirche in Hessen und Nassau

Oberkirchenrätin Carmen Rivuzumwami (Stellvertretende Stiftungsratsvorsitzende)
Evangelische Landeskirche in Württemberg

Pastor Kai Gusek
Schulstiftung der Evangelisch-lutherischen Kirche in Norddeutschland

Oberkirchenrat Matthias Kopischke
Evangelische Landeskirche Anhalt

Oberkirchenrat Wolfgang Schmidt
Evangelische Landeskirche in Baden

Leitender Kirchenrechtsdirektor Dr. Ottmar Funk
Evangelisch-Lutherische Kirche in Bayern

Oberlandeskirchenrat Thomas Hofer
Evangelisch-lutherische Landeskirche in Braunschweig

Kirchenrätin Susanne Minkus-Langendörfer
Evangelische Kirche in Mitteldeutschland

Pfarrer Dr. Michael Dorhs
Evangelische Kirche von Kurhessen Waldeck

Oberkonsistorialrat Michael Lunberg
Evangelische Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz

Oberkirchenrat Dr. Claus Müller
Evangelische Kirche der Pfalz

Leitender Kirchenrat Dr. Sascha Flüchter (Schriftführer)
Ev. Kirche im Rheinland

Oberlandeskirchenrat Burkart Pilz
Evangelisch-Lutherische Kirche Sachsens

Studiendirektorin i.K. Monika Pesch
Vertreterin der Evangelischen Kirche von Westfalen

OStD i.K. Pfarrer Mark Meinhard
Arbeitsgemeinschaft Evangelischer Schulbünde e. V.

Pastor Gerd Brinkmann
Evangelisch-lutherische Landeskirche in Hannover

Theologische Referentin Dr. Alexandra Eimterbäumer
Evangelisch-lutherische Landeskirche Schaumburg-Lippe

Stellvertretungen

Oberkirchenrat Stefan Knöll
Evangelische Kirche in Hessen und Nassau

Pfarrer Dr. Lambrecht Kuhn
Evangelische Landeskirche Anhalts

Kirchenoberrechtsrätin Friederike Heidland
Evangelische Landeskirche in Baden

Landeskirchenrat Jörg Willenbockel 
Evangelisch-lutherische Landeskirche in Braunschweig

Direktor Dr. Jürgen Belz
Evangelisch-lutherische Kirche in Bayern

Oberlandeskirchenrätin Dr. Anne-Ruth Wellert
Evangelische Kirche von Kurhessen-Waldeck

Friederike Wulff-Wagenknecht
Evangelische Kirche in Mitteldeutschland

PD Dr. Matthias Bernstorf
Schulstiftung der Evangelisch-lutherischen Kirche in Norddeutschland

Volker Schmidt
Schulstiftung der Evangelisch-Lutherischen Landeskirche Sachsens

Kirchenrätin Ursula Kannenberg
Evangelische Landeskirche in Württemberg

Stefan Giesel
Arbeitsgemeinschaft Evangelische Schulbünde Deutschland

Oberlandeskirchenrätin Dr. Kerstin Gäfgen-Track
Evangelisch-lutherische Landeskirche in Hannover

Oberkonsistorialrat Dr. Dieter Altmannsperger
Evangelische Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz

Pastorin Reinhild Gedenk
Evangelisch-reformierte Kirche

Kirchenrechtsdirektorin Gunhild Achenbach
Ev. Kirche im Rheinland